Lorsque Tokugawa Ieyasu mit en place le gouvernement Bakufu (shogunat) à Edo, Hie-jinja fut construit dans les jardins du château d'Edo (sur le site du Palais Impérial) pour protéger les lieux des mauvais esprits.

En 1659, à la suite d'un incendie, le quatrième Shogun Ietsuna le fit reconstruire à son emplacement actuel. Hie-jinja est également connu sous le nom de San-no-sama, et accueille un grand festival ayant lieu tous les deux ans (San-no Matsuri) le 15 juin. Les visiteurs du sanctuaire prient ici pour un mariage heureux, la bénédiction des enfants, et un accouchement sans encombre. La paire de singes que l'on peut voir dans le sanctuaire symbolise ces souhaits.