Le Tokugawa-en a été construit en 1695 pour être un lieu de retraite pour Mitsutomo, chef des trois maisons Tokugawa et seigneur du domaine d'Owari. Bien plus tard, en 1889, ce jardin est devenu le lieu de résidence de la famille Owari Tokugawa. En 1931, Tokugawa-en fut donné à la ville de Nagoya.
Après l'achèvement des réparations et de l'entretien, le jardin fut ouvert au public. Malheureusement, une grande partie des bâtiments et du jardin ont été détruit en 1945 au cours de raids aériens massifs. Après la guerre, le Tokugawa-en a été utilisé comme un parc public.
En 2001, commencent les travaux de rénovation des jardins et la remise en valeur des différents paysages du parc. Il rouvre ses portes à nouveau en tant que jardin japonais en 2004.
Il est possible de visiter le musée d'Art traditionnel Tokugawa qui se situe sur le même site (tarif d'entrée spécifique).