Shinsen-en, ou "le jardin de la source divine", s'étendait autrefois sur plus de 100000 mètres carrés au sud-ouest du Palais impérial.
Lorsque l'Empereur Kanmu établit son gouvernement à Kyoto en 794, il fit construire un jardin naturel en utilisant ces fontaines pour créer de beaux étangs. Shinsen-en fut alors le jardin privé de l'Empereur pendant une longue période. En 1603, Tokugawa Ieyasu s'empara d'une grande partie de la surface du Shinsen-en pour y faire construire sa propre résidence kyotoïte, le château de Nijō. Ainsi, la taille actuelle de ce jardin n'est plus qu'un dixième de ce qu'elle était autrefois. Il est maintenant à la fois temple et sanctuaire.